Фамилия Томников образована от прозвища или нецерковного имени Томник. В ее основе лежит древнерусский глагол «томить» — «мучить, маять, изнурять, истощать». Однако у этого слова было и другое, профессиональное значение: «продолжительным нагреванием делать более мягким, ковким». Именно эта деталь открывает самую правдоподобную версию происхождения прозвища.

Скорее всего, Томником называли кузнеца, который занимался томлением стали или чугуна — длительным нагревом металла для придания ему нужных свойств. В некоторых диалектах «томить» выступало синонимом к «морить», что тоже указывает на связь с ремеслом. Фамилия, таким образом, могла закрепиться за потомками мастерового человека, а не за тем, кто кого-то изнурял.

Существует и вторая версия, связанная с личным именем. Именование Томник могло быть вариантом древнерусского нецерковного имени Томило. Такое имя давали ребенку, рожденному при трудных родах — как оберег, отражающий тяжелые обстоятельства появления на свет. Со временем имя или прозвище Томник закрепилось за человеком как основное бытовое именование, а затем легло в основу фамилии по стандартной модели: сын Томника стал Томниковым.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Томников буквально значит «сын Томника». Такая модель типична для русских фамилий, сформировавшихся в XV–XVII веках. Однокоренных фамилий немного, что делает Томниковых относительно редким родом. Если версия о кузнечном деле верна, то предки носителей фамилии были людьми уважаемого в старину ремесла — без кузнецов не обходилась ни одна деревня.