Фамилия Томниковский — редкий случай, когда географическая привязка почти очевидна, но точное место теряется в истории. В основе фамилии почти наверняка лежит название населённого пункта Томниково или Томник. Таких топонимов в России немного, и они разбросаны: есть, например, деревня Томниково в Тверской области, а речка Томник встречается в бассейне Оки. Но фамилия могла образоваться и от названия урочища или хутора, не дожившего до наших дней.

Суффикс -ский указывает на типичную модель формирования дворянских или шляхетских фамилий в XVI–XVII веках. В Речи Посполитой, а позже и в Российской империи, окончание -ский часто получали те, кто владел землёй или происходил из определённой местности. Томниковский — значит «выходец из Томникова» или «принадлежащий к роду, владевшему этим селом». Однако в отличие от массовых крестьянских фамилий на -ов, эта форма чаще встречалась у служилых людей, мещан или духовенства.

Корень «Томник» неочевиден. Скорее всего, он связан с диалектным словом «томный» — утомительный, тяжёлый, или с «томить» — изнурять, мучить. В топонимике такие названия могли давать глухим, болотистым или труднопроходимым местам, где «томились» путники. Другая версия — от личного имени или прозвища Томник, которое мог получить человек медлительный или задумчивый.

В дореволюционных источниках фамилия встречается крайне редко. Несколько Томниковских записаны в метрических книгах южных губерний — Херсонской и Екатеринославской, что может говорить о миграции из центральных областей в Новороссию. Встречается вариант написания через «а» — Тамниковский, что иногда путает исследователей, но это, скорее всего, результат акающего произношения или описки.

Словообразовательно фамилия прозрачна: основа Томник- плюс суффикс -овск-, который в русском языке часто усекается до -ск-. Полная форма Томниковский — это притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?». Ударение, судя по аналогиям, падает на второй слог: Томнико́вский, хотя в устной речи встречается и вариант с ударением на третий.