Фамилия Тонкишин — один из тех случаев, где на первый взгляд прозрачная основа таит в себе неожиданный поворот. В ней отчётливо слышится прилагательное «тонкий», но путь от этого слова до фамилии не такой прямой, как кажется.

В русских фамилиях суффикс -ин традиционно указывает на принадлежность: «чей сын?» или «чей работник?». Основа Тонкиш- — это не усечённое «тонкий», а, скорее всего, прозвище, образованное с помощью уменьшительно-пренебрежительного суффикса -ыш. Сравните: глухой — глух-ыш, малый — мал-ыш, тонкий — тонк-ыш. «Тонкыш» — так в народе могли называть очень худого, субтильного человека, возможно, подростка или мужчину невысокого роста и щуплого телосложения. Прозвище было ёмким и точным, а при передаче по наследству оно превратилось в фамилию: сын Тонкыша стал Тонкишиным. Буква «и» на месте исторического «ы» — результат поздней орфографической нормы (после шипящих и ц «ы» не пишется).

Вторая, менее вероятная версия выводит фамилию из диалектного глагола «тонкать» или «тончить» — то есть делать тонким, заострять, натачивать. В этом случае «Тонкиш» могло быть прозвищем мастера-ремесленника, например, точильщика или ножевщика. Однако эта гипотеза слабее: глагол редок, а словообразовательная цепочка «глагол + -ыш» для прозвищ нехарактерна.

Фамилия Тонкишин встречается в основном в центральных и южных областях России — в Воронежской, Тамбовской, Ростовской областях, а также на Украине. Это указывает на её исконно русское происхождение, возможно, из среды однодворцев или крестьян, получивших фамилию в XVIII–XIX веках. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — она осталась в простонародной среде, где прозвища давали по внешности или характеру. В некоторых говорах «тонкишом» могли назвать не только худого, но и пронырливого, ловкого человека — так что предки могли быть не просто худощавыми, а обладателями живого ума.