Фамилия Топайкин — редкий случай, где глагольная основа сохранилась почти без изменений. В её центре — «топать», то есть идти, стучать ногами, тяжело шагать. Суффикс -кин указывает на принадлежность: «чей?» — Топайкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Топайка. Такая модель характерна для северных и центральных областей России, где -ин и -кин часто заменяли более южное -ов.

Прозвище Топайка могли дать по разным причинам. Самый прямой вариант — человеку с тяжёлой, шумной походкой, который «топал» при ходьбе. В крестьянской среде, где звуки шагов имели значение (скот, охота, ночная стража), такая деталь быстро становилась отличительным признаком. Менее очевидная, но правдоподобная версия — прозвище по профессии. «Топайками» в некоторых говорах называли пеших гонцов или посыльных, которые ходили пешком, в отличие от конных. В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания «топай» в значении «пешеход», «ходок».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Топоров, Топтунов, Топалов — показывает, что Топайкин стоит особняком. В них основа — существительное (топор, топот) или прилагательное, а здесь — чистый глагол с уменьшительным суффиксом -к-. Это говорит о том, что прозвище было не описательным («топотун»), а скорее насмешливым или бытовым: «Топайка» звучит как прозвание ребёнка или невысокого человека с характерной походкой.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Вятке, где суффикс -кин встречается чаще, чем в среднерусских областях. Встречаемость низкая, что подтверждает её происхождение от одного конкретного прозвища, а не от массового профессионального термина. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно крестьянская или мещанская основа, без следов служилого сословия.