Фамилия Топа неоднородна по происхождению: она могла возникнуть в разных языковых средах и закрепиться за разными родами. Самая прямая версия связывает её с венгерским словом «топа» — «хромота». В этом случае прозвище Топа получал человек, заметно прихрамывающий при ходьбе. Такие прозвища по физическим особенностям были естественны для сельской среды, где человека часто называли не по имени, а по яркой примете, и закреплялись за его потомками уже как фамилия.

Другая линия ведёт к польскому языку, где «топа» означало «медлительная девушка». Если придерживаться этой версии, прозвище могло относиться к неторопливой, спокойной женщине, а фамилия в таком случае закрепилась бы за её детьми или домочадцами. Эта гипотеза объясняет, почему фамилия встречается и у женщин, хотя в традиционной русской модели фамилии чаще получали по мужской линии.

Существует и версия о еврейском происхождении фамилии. Здесь словообразование иное: Топа — это форма родительного падежа от имени Топ, то есть «из рода Топа». Основа «топ» восходит к ивритскому слову со значением «горшок». Тогда прозвище Топ мог получить гончар, либо человек, торговавший глиняной посудой, — ремесленное прозвище по роду занятий. Такая модель образования фамилий через притяжательную форму встречается в еврейской ономастике довольно часто.

Какая из версий правдоподобнее для конкретной семьи — зависит от географии предков. Венгерское влияние ощущалось в Закарпатье и на западе Украины, польское — в белорусских и украинских землях, а еврейские фамилии такого типа фиксировались в черте оседлости. Сама фамилия Топа остаётся сравнительно редкой, и её написание не менялось со временем: она не получила типичных русских суффиксов -ов или -ин, что указывает на позднее закрепление или на иноязычное происхождение носителей. Прозвищная основа без дополнительных формантов — характерный признак фамилий, которые складывались на стыке культур, где имя или прозвище переносили на потомков без переоформления.