Фамилия Топкин образована от прозвища Топка. В русских говорах слово «топка» имело два основных значения — «печь» и «болотистое место, топь». Первое связывали с человеком, который топил печи, будь то истопник в барском доме или просто хозяин, следивший за теплом в избе. Второе значение отсылало к жителю, обосновавшемуся у топкого, сырого места, у болота. Какая из версий правдоподобнее — сказать сложно, но географическая привязка к болотистой местности встречается в фамилиях чаще, чем кажется: Топкин вполне мог получить прозвище по месту жительства.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын или потомок Топки. Такой тип фамилий распространён в северных и центральных областях России, где активно использовали прозвища на -а/-я. Интересно, что в некоторых диалектах «топка» означала также «топот, топотня» — возможно, прозвище дали шумному, тяжёлому на ногу человеку, но эта версия менее убедительна из-за редкости такого употребления.

Ударение в фамилии обычно падает на первый слог — Топкин, что характерно для фамилий с корнем «топ-» (сравните Топоров, Тополев). Редкая фамилия, не входящая в сотни самых частых, но встречающаяся в Сибири и на Урале — там, где переселенцы в XVIII–XIX веках осваивали новые земли и часто получали прозвища по местным особенностям ландшафта. В документах XVII века известна деревня Топкино в нынешней Костромской области — возможно, фамилия пошла от названия селения, а не наоборот.

С точки зрения ономастики, Топкин — «говорящая» фамилия, чья основа ясна без словарей, но точное значение зависит от того, кем был первый носитель: печником, жителем болотистой низины или просто человеком с «топкой» походкой. Спор между этими версиями не разрешён, но первая (печь) и вторая (топь) выглядят равноправно, а третья — лишь догадка.