Фамилия Тойганбаева — тюркская по происхождению, и ее разбор стоит начать с географии, а не с корня, потому что именно регион бытования подскажет, с каким языком мы имеем дело. Фамилия характерна для башкир, татар и казахов, а также встречается у киргизов. Форма на «-ева» указывает, что перед нами русифицированный вариант женской фамилии, образованной от мужской Тойганбаев. В тюркской среде фамилии часто записывали по отцу, поэтому в документах фиксировали патроним с русским суффиксом.

Основа фамилии — составное имя Тойганбай. В тюркских языках «той» означает «пир», «свадьба», а «ган» — суффикс причастия прошедшего времени. «Тойган» буквально переводится как «тот, кто пировал», «насытившийся на пиру» или «родившийся в день свадьбы». Второй компонент «бай» — «богач», «хозяин», «господин». Таким образом, имя Тойганбай можно понять как «богатый пиром» или «рожденный в праздник». В кочевой культуре такие имена давали ребенку, появившемуся на свет во время большого торжества, чтобы закрепить за ним удачу и изобилие.

Обращает на себя внимание редкая словообразовательная модель для русской записи. Обычно тюркские фамилии на «-баев» встречаются часто, но «Тойганбаева» с ударением на первый слог основы (То́йганбаева) — нестандартный случай. Ударение в исходном имени падает на «ой», что сближает фамилию с башкирскими диалектами, где «той» произносится с долгим гласным. В татарском варианте ударение могло бы сместиться на последний слог, но русская адаптация зафиксировала именно такой акцент.

Учитывая, что фамилия не слишком распространена, ее носители — потомки одного рода, вероятно, из южных районов Башкортостана или Оренбургской области. Сословно предки могли быть башкирами-вотчинниками или казахами, перешедшими в оседлость. Никаких дворянских корней у фамилии нет — это типичный патроним, который закрепился за крестьянским или казачьим населением в XIX веке, когда началась массовая фиксация фамилий у тюркских народов Российской империи.