Фамилия Тойкенова — яркий пример ареальной фамилии, сформировавшейся в среде тюркских народов, преимущественно у казахов и башкир. Её основа — мужское личное имя Тойкен, которое состоит из двух тюркских корней: «той» (праздник, свадьба, пир) и «кен» (широкий, обширный, а также суффикс, придающий значение обладания). В буквальном смысле имя можно перевести как «щедрый на праздники» или «владеющий широким пиром». В кочевой культуре гостеприимство и умение устроить той (праздник) ценились высоко, поэтому имя давали с пожеланием достатка и широты души.

Фамилия образована по самой распространённой для тюркских фамилий модели — прибавлением русского патронимического суффикса -ов/-ев и окончания -а, указывающего на женский род. Таким образом, Тойкенова — это «дочь (или жена) человека по имени Тойкен». Мужской вариант — Тойкенов. Важно, что в отличие от русских фамилий, где -ов/-ев часто указывает на принадлежность отцу, в тюркской среде фамилия могла закрепиться в качестве родового имени, переходя от предка к потомкам уже в XX веке, при массовой паспортизации.

Географически фамилия тяготеет к южным и западным регионам Казахстана, а также встречается в Оренбургской области России, где исторически велика доля казахского и башкирского населения. Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она восходит к конкретному роду или аулу, где имя Тойкен было популярно. В ономастических справочниках по русским фамилиям (например, у Б. Унбегауна) Тойкенова не фигурирует, поскольку это поздняя по времени фиксации фамилия, возникшая уже в советский период на базе тюркского антропонима.

Редкость фамилии состоит в том, что её основа практически не имеет омонимов в других языках. В отличие от частых Беков, Алиевых или Таировых, имя Тойкен не было столь распространённым, поэтому носители фамилии Тойкенова почти наверняка принадлежат к одному роду или нескольким близким ветвям. Если встретить человека с такой фамилией, высока вероятность, что его предки жили в одном и том же регионе, а само имя в роду передавалось через поколение как знак уважения к предку-устроителю праздников.