Фамилия Трайдуков — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. В её центре лежит не имя, а прозвище или иноязычное слово, которое подверглось русской обработке.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Трайдук. Этот суффикс указывает на принадлежность: «сын Трайдука» или «из семьи Трайдука». Сама же основа — Трайдук — скорее всего, прозвище. В русских говорах и в украинском языке слово «трайда» или «трейда» могло означать «тряпка», «ветошь» или «нечто болтающееся». Отсюда прозвище Трайдук могли дать неопрятному человеку, неряхе, или, в переносном смысле, тому, кто «трясётся» над имуществом, скупцу.

Есть и другая, более экзотическая версия. Фамилия могла возникнуть на юге России или в казачьей среде, где были сильны тюркские влияния. В тюркских языках встречается корень «трай» (вариант «тайра»), связанный с понятиями «упрямый», «крутой», «резкий». В таком случае Трайдук — прозвище человека с непростым, строптивым характером. Суффикс -ук/-юк типичен для украинских и белорусских фамилий (как Бондарчук, Кравчук), так что исходная форма могла звучать как Трайдук, а при переходе в великорусскую среду к ней добавили фамильный суффикс -ов.

Версия с тюркским корнем кажется более правдоподобной, если учесть, что фамилия встречается в документах по Курской и Воронежской областям — зоне активных контактов славянского и степного населения. Прозвище закрепилось, когда носитель перешёл в служилое сословие или на государственную службу, где требовалась фиксация по отцу.

В дореволюционных списках фамилия Трайдуков не фигурирует среди дворянских родов. Скорее всего, это фамилия однодворцев, казаков или государственных крестьян — тех слоёв, где прозвища бытовали особенно долго и не вытеснялись крестильными именами. Встречается вариант написания через «е» — Трейдуков, что подтверждает диалектное происхождение: в южнорусских говорах «я» и «е» часто смешивались.