Фамилия Трехонин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Трехонин образована от прозвища Трехона, которое восходит к существительному «трехон» − «барабанный инструмент, корпус которого сделан из каучукового дерева». Вполне возможно, что родоначальник Трехониных был музыкантом. Не исключено также, что в основу прозвища Трехона легла просторечная форма слова «три» − «треха». Обычно так называли третьего по счету ребенка в семье. Согласно еще одной гипотезе, прозвище ведет свое начало от названия пауков семейства воронковые тарантулы − «трехоны». Эти насекомые имеют большое туловище, которое в три раза больше в длину по сравнению с шириной. В таком случае можно предположить, что основатель рода Трехониных увлекался биологией, и, в частности, изучением этих пауков. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Трехона, со временем получил фамилию Трехонин. О точном месте и времени возникновения фамилии Трехонин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Трехонин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.