Фамилия Трехонин образована от личного прозвища Трехона и принадлежит к распространенному типу русских фамилий, закрепившихся через отчество: сын Трехоны становился Трехониным. С этимологической точки зрения здесь работает типичная для русской ономастики модель с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность роду конкретного человека.

Спор о происхождении самого прозвища Трехона сводится к трем основным версиям. Первая отсылает к существительному «трехон» — так называли барабанный инструмент, корпус которого делали из каучукового дерева. Если принять эту версию, родоначальник Трехониных мог быть музыкантом или мастером, делавшим такие барабаны. Вторая версия видит в основе просторечную форму числительного «три» — «треха». В этом случае Трехоной в семье называли третьего по счету ребенка, и прозвище выполняло роль порядкового имени, что было обычной практикой в больших крестьянских семьях.

Третья гипотеза самая экзотичная: она связывает прозвище с названием пауков семейства воронковые тарантулы — «трехоны». Якобы эти насекомые отличаются туловищем, длина которого в три раза превышает ширину, отсюда и имя. Однако эта версия выглядит надуманной: вряд ли крестьяне или горожане прошлых веков массово давали прозвища по энтомологическим признакам, а увлечение биологией в те времена было уделом узкого круга образованных людей. Правдоподобнее выглядит связь либо с музыкальным инструментом, либо с порядковым номером ребенка, причем вторая версия проще и ближе к бытовой логике имянаречения.

Любопытно, что фамилия Трехонин — редкая, и в этом ее ценность для исследователя. Она не попала в массовые справочники распространенных фамилий, поэтому о точном месте и времени ее возникновения говорить сложно: процесс формирования фамилий в разных регионах России растянулся на столетия, и закрепиться такое прозвище могло где угодно — от северных земель до южных губерний. В написании фамилии обращает на себя внимание буква «х» в корне: это архаичный след произношения, который в однокоренных фамилиях вроде Трехов или Трехин встречается чаще, тогда как Трехонин сохранил более полную форму прозвища.

Несмотря на неясность конкретной истории рода, фамилия Трехонин остается живым памятником славянской письменности и культуры — она донесла до нас слово, которое сегодня почти исчезло из живого языка, и напоминает о том, как прозвища, данные по ремеслу, счету детей или случайному сходству, становились семейными именами на века.