Фамилия Трофименкова — женская форма от Трофименков, а та, в свою очередь, образована от имени Трофименко. В основе лежит каноническое крестильное имя Трофим (от греческого «трофимос» — питомец, воспитанник). Но ключевая особенность здесь — суффикс -енк(о), который в русской ономастике работает как маркер географического и социального происхождения.

Суффикс -енко (в белорусской и украинской традиции) обычно указывает на «малого», «сына» или «потомка»: Трофименко — буквально «маленький Трофим» или «сын Трофима». Однако в фамилии Трофименков к этому украинскому патрониму добавился русский суффикс -ов, характерный для центральных и северных областей России. Такая двойная модель (украинская основа + русский суффикс) типична для фамилий, возникших на пограничье — в Слобожанщине, на юге России или в регионах, куда переселялись малороссы (Курская, Воронежская, Ростовская области). То есть предок мог носить прозвище Трофименко, а при переезде в великорусскую среду фамилию «обрусили», добавив -ов.

Встречается и более редкая версия: фамилия могла образоваться напрямую от отчества Трофименок (с уменьшительным суффиксом -енок, как «котенок»), которое в некоторых говорах давало форму Трофименков. Но это локальный вариант, менее распространённый.

Сословно фамилия не была аристократической. Трофименковы — в основном крестьяне и однодворцы (особенно в бывшей Белгородской губернии). В документах XVIII–XIX веков носители фамилии фиксируются как государственные крестьяне, реже — мещане. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» нет.

Таким образом, Трофименкова — фамилия, которая рассказывает о смешении культур: имя греческого происхождения, украинский патроним и русский суффикс. Носительница этой фамилии с большой вероятностью имеет корни в южнорусских областях, где сходились потоки переселенцев с Украины и из центральной России.