Фамилия Трофим — редкий случай, когда в её основе лежит не уменьшительная форма, а полное крестильное имя. Поэтому искать тайный смысл в суффиксах не нужно: перед нами чистая, не усечённая основа, которая и стала фамилией. Такая модель встречается реже, чем привычные Трофимов или Трофименко, и указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, сам звался Трофимом, а его дети и внуки унаследовали это имя как родовое прозвание.

Само имя Трофим пришло на Русь вместе с христианством из Византии. В переводе с древнегреческого оно означает «кормилец» — человек, который добывает пропитание, заботится о других. Церковь почитает священномученика Трофима, одного из семидесяти апостолов и спутника апостола Павла. Согласно житию, Трофим сопровождал Павла в третьем апостольском путешествии и не оставлял его в трудностях. Именно Трофима неверующие иудеи увидели рядом с апостолом в Иерусалиме и, заподозрив, что он ввёл учителя в храм, подняли возмущение. Этот спор закончился тем, что апостола Павла заключили в оковы и отправили в темницу.

На Руси имя Трофим было распространено среди крестьян и мещан, но фамилия, образованная от полной его формы, встречается нечасто. Обычно такие фамилии закреплялись за одним человеком, который был настолько известен в своей округе под своим именем, что дополнительные прозвища ему не требовались. В документах XVII–XVIII веков подобные формы фиксировали как «Трофим» или «Трофим сын», и лишь позже это прозвание перешло к потомкам без изменений.

Стоит отличать фамилию Трофим от патронимических Трофимов и Трофимович. Если Трофимов означает «сын Трофима» и встречается повсеместно, то форма Трофим — более архаичная и редкая. Она могла сохраниться в тех регионах, где фамилии закреплялись позже, например на Русском Севере или в Сибири, куда переселенцы приносили уже сложившиеся семейные прозвания.

Ономасты отмечают, что фамилии, совпадающие с полной формой имени, часто возникали в среде однодворцев и государственных крестьян, где не было жёсткой необходимости в стандартизации родового имени. Поэтому носитель фамилии Трофим может с высокой долей вероятности предполагать, что его предок был человеком самостоятельным, возможно, главой большого семейства, которого уважительно называли по имени без сокращений.