Фамилия Трубченинова — женская форма, исходная мужская — Трубченинов. Она образована по редкой словообразовательной модели: к основе Трубчен- добавлен суффикс -ин- и окончание -ов, что встречается нечасто. Обычно фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (Петров — от Пётр, но Петин — от Петя), а здесь смешение двух патронимических суффиксов. Это указывает на позднее оформление фамилии, вероятно, в XVIII–XIX веках, когда фамилии уже фиксировались письменно и могли «наращивать» суффиксы для благозвучия или по аналогии с соседними родами.

Корень Трубч- восходит к слову «труба». В диалектах и старом быту «трубченик» (или «трубченин») — человек, связанный с трубами: либо мастер-трубочист, либо тот, кто делал глиняные или деревянные трубы для печей и водостоков. В некоторых говорах «трубченик» — прозвище худого, высокого человека (сравнение с трубой). Другая, менее вероятная версия — от названия жителя по местности Трубчевск (город в Брянской области): там бытовала форма «трубченин» (житель Трубчевска), но фамилия с суффиксом -инов скорее указывает на прозвище, чем на географическое происхождение.

Фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и южных регионах России — в Тульской, Рязанской, Воронежской областях. В дореволюционных переписях Трубчениновы — в основном крестьяне и мещане, что типично для поздних патронимических фамилий, возникших из прозвищ по профессии.

С точки зрения ономастики, Трубченинов стоит в одном ряду с фамилиями Трубников, Трубачёв, Трубкин — все они от слова «труба», но каждый с разной суффиксальной историей. Трубченинов — самый «сложносоставной» вариант, что делает фамилию любопытным примером народного словообразования, где прозвище обрастало дополнительными формантами, пока не приобрело нынешний вид.