Фамилия Труфякова — женская форма фамилии Труфяков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Труфяк. Основа здесь — Труф-, которая восходит к каноническому мужскому имени Трифон (в просторечии — Труфон, Труфан, Труфанка). В русской народной традиции имя Трифон нередко «окало» и «якало»: на месте ударного «и» звучало «у» (Труфон), а уменьшительные формы вроде Труфан, Труфаня давали основу Труф-. Суффикс -як (-ак) в фамилиях типичен для русских прозвищ (сравните: Мороз — Морозяка, Рыжий — Рыжак). Труфяк — это человек, которого в быту называли уменьшительно-пренебрежительно от Трифона: не просто Труф, а именно Труфяк, то есть «Трифонушка», «Трифонка».

Фамилия Труфяков (и Труфякова) — сравнительно редкая. Она не входит в число массовых русских фамилий, но имеет чёткую географическую привязку. По данным современных исследований, основное гнездо фамилии — северные и северо-восточные области России: Архангельская, Вологодская, Кировская области, а также Пермский край. Это объяснимо: имя Трифон было очень популярно на Русском Севере, особенно в среде крестьян и посадских людей. В документах XVII–XVIII веков встречаются записи типа «Труфанко Иванов сын» или «Труфяк Ондреев» — такие прозвища фиксировались в переписных книгах северных уездов.

Словообразовательная модель Труфяков — типично русская патронимическая (по отцу) с суффиксом -ов-. В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я (Труфа — Труфин), здесь основа на согласный (Труфяк). При этом суффикс -як в прозвищах указывал на носителя характерного признака, но в данном случае он просто уменьшительный, без дополнительного значения. Если бы Труфяк было прозвищем по ремеслу, мы бы искали корни в диалектных словах, но для фамилии Труфякова такая версия не подтверждается: в говорах «труфяк» не зафиксирован как самостоятельное слово.

Таким образом, носительница фамилии Труфякова может считать своим предком человека по имени Трифон, которого в деревне звали Труфяком. Фамилия — не дворянская, не купеческая, а крестьянская, что типично для северных территорий. Ошибки в написании (через «е» — Трефяков) встречаются, но редки, так как произношение с «у» устойчиво. В современной России фамилия сохраняется в тех же регионах, а также встречается у потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.