Фамилия Трубякова — женская форма фамилии Трубяков, которая образована от мужского прозвища или имени Трубак (Трубяк). Основа здесь — не «труба» как предмет, а глагол «трубить» или «трубать» (в старых говорах — «трубить, играть на трубе»). Суффикс -як- в русских фамилиях часто указывал на деятеля: Трубяк — тот, кто трубит, то есть трубач. Такая модель обычна для прозвищ по ремеслу или занятию: Молотобой → Молотобоев, Кузнец → Кузнецов, Трубач → Трубачёв. Но здесь не суффикс -ач-, а -як-, что встречается реже и придаёт прозвищу оттенок разговорности или региональности.

По патронимической схеме фамилия построена просто: от прозвища Трубяк через притяжательный суффикс -ов- (чья? — Трубякова). То есть предок носителя фамилии был сыном или потомком человека по прозвищу Трубяк. В документах XVII–XVIII веков такие прозвища фиксировались в среде служилых людей и посадских — трубачи были нужны в войске (сигналы, сборы) и при дворе. Однако Трубяков мог быть и крестьянином, прозванным за привычку громко говорить или кричать — в диалектах «трубать» означало также «громко плакать» или «реветь».

Версия о связи с названием реки Трубеж или города Трубчевск маловероятна: фамилии на -яков обычно не указывают на топоним (для этого есть суффиксы -ский/-цкий). Скорее всего, это чисто прозвищная фамилия, и её носители — потомки человека, чья профессия или манера поведения была связана с трубным звуком.

Географически фамилия встречается в разных регионах, но чаще — в центральной России и на Урале, где были распространены ремёсла, связанные с медными духовыми инструментами. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) аналогичные основы разбираются как типичные для «профессиональных» прозвищ. Трубяков — не самая частая фамилия, но её значение прозрачно: предок был трубачом или человеком с громким голосом.