Фамилия Трубнякова — женская форма фамилии Трубняков, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. В основе лежит прозвище или профессиональное именование Трубняк. Слово «трубняк» в русских говорах имело несколько значений, и все они связаны с трубой.

Самое вероятное объяснение — род занятий. Трубняком могли называть мастера, который делал трубы: печные, водосточные, гончарные. В крестьянском быту печник-трубник был человеком уважаемым, без его работы дом не поставишь. Второе значение — «трубный мастер» на заводе, в горном деле или на солеварне, где трубы использовали для подачи рассола. Третья версия, более редкая, — прозвище по внешности или характеру: «труба» в переносном смысле могла означать высокого, худого человека или того, кто громко говорит (как в трубу).

Модель образования типична для русских фамилий: основа Трубняк- плюс суффикс принадлежности -ов, что буквально означало «сын Трубняка» или «из семьи Трубняка». Форма Трубнякова, соответственно, — «жена или дочь Трубнякова». Суффикс -як в основе указывает на лицо по действию или предмету (ср. рыбак, дубняк), поэтому Трубняк — это именно человек, связанный с трубой, а не просто обладатель трубы.

Фамилия не относится к числу распространённых аристократических. Скорее всего, её носили крестьяне, ремесленники или заводские рабочие центральных и северных губерний России, где были развиты печное дело и металлообработка. Встречается она и сегодня, но не массово. Географически Трубняковы чаще всего фиксируются в Поволжье и на Урале — регионах, где в XVIII–XIX веках активно работали медеплавильные и железоделательные заводы, а значит, требовались мастера-трубники.

Однокоренные фамилии — Трубников, Трубачёв, Трубкин. Трубняков отличается от них именно суффиксом -як, который придаёт основе оттенок просторечия или диалекта: Трубников звучит более «книжно», а Трубняков — как прозвище из живой речи.