Фамилия Трухлова — женская форма фамилии Трухлов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Трухло. Основа здесь — глагол «трухнуть» или прилагательное «трухлый», что в старых говорах означало «гнилой, дряблый, рассыпчатый» (от слова «труха» — перегнившее сено или дерево). Прямое значение прозвища — «дряхлый, хилый, ненадёжный». Однако в народе такие прозвища часто давали не в обиду, а с иронией или как оберег: считалось, что «плохое» имя отведёт от ребёнка настоящие болезни и беды.

Суффикс -ов в основе Трухлов указывает на типичную русскую модель притяжательности: «чей сын?» — Трухлов, то есть потомок человека по прозвищу Трухло. Фамилия довольно редкая и не встречается в дворянских родословных книгах — скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди из центральных и северных губерний России. В переписных книгах XVII–XVIII веков могли фиксировать варианты Трухлой, Трухлово (как название селений), но письменная форма закрепилась именно с окончанием -ов.

Интересно, что фамилия Трухлов стоит в одном ряду с однокоренными Трухин, Труханов, Трушков, но отличается от них именно «гнилостной» семантикой. Если Трухин могли образовать от имени Труха (уменьшительное от Трофим или Матруна), то Трухлов — почти всегда от характеристики внешности или здоровья. В современных базах данных фамилия встречается в Тверской, Ярославской и Костромской областях, что подтверждает её северо-русское происхождение. В написании с одной «л» (Трухлова) она соответствует стандартному склонению, но в дореволюционных метриках могла писаться через «о» на конце (Трухлово) — как указание на принадлежность к роду.