Фамилия Труникова — женская форма фамилии Труников, а та, в свою очередь, образована от мужского личного прозвища или имени Труник. Основа здесь — корень «трун-», который в русских говорах имеет несколько значений, и это делает фамилию этимологически неоднозначной. Самый прямой путь — от слова «трун» (или «трунь»), которое в диалектах означало «тряпка», «ветошь», «лоскут». Прозвище Труник могли дать бедно одетому человеку, неряхе или, наоборот, тому, кто торговал старьём и тряпьём.

Однако есть и другая, более редкая версия. В некоторых областях «трун» — это название растения (синоним хрена или дикой редьки). Прозвище Труник в таком случае могло закрепиться за человеком с едким, «ядрёным» характером или за тем, кто выращивал эту культуру. Третья гипотеза связывает фамилию с каноническим именем Трифон: в просторечии Трифон мог превратиться в Труна или Труню, откуда через суффикс -ик и возникло уменьшительное Труник. Эта версия слабее, но полностью исключать её нельзя, так как народная переделка имён вроде Трифон → Трун встречается в северных и сибирских говорах.

Суффикс -ик в основе Труник — уменьшительный, характерный для прозвищ и некалендарных имён в Древней Руси. Окончание -ов (в мужской форме) указывает на принадлежность: «сын Труника». Таким образом, Труниковы — это потомки человека по прозвищу Труник. Фамилия не относится к числу аристократических или дворянских; её носители, скорее всего, происходили из крестьянской или посадской среды. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где диалектное слово «трун» было в ходу.