Фамилия Трунников — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа таит в себе неожиданный поворот. Если следовать самой очевидной логике, корень «трун» можно связать с глаголом «трунить» (насмехаться, подшучивать). В этом случае Трунников — потомок человека, которого в округе знали как шутника или балагура, либо, напротив, как того, над кем постоянно подтрунивали. Однако у этой версии есть слабое место: глагол «трунить» в русских говорах не так широко распространён, как, скажем, «балагурить», и фамилия на его основе встречается нечасто.

Гораздо убедительнее выглядит связь с акающим произношением. В южнорусских и среднерусских говорах, где «о» в безударном положении переходит в «а», фамилия Трунников могла возникнуть как фонетический вариант от Тронников. А основа «Тронник» — это человек, имеющий отношение к трону (в прямом или переносном смысле), либо прозвище от неканонического имени Трон. Но есть и ещё одна, более приземлённая версия: в некоторых диалектах «трон» означало нечто вроде «обрубок», «чурбан», и тогда прозвище Тронник мог получить плотник или дровосек.

Суффикс -ов в фамилии Трунников указывает на стандартную модель русских фамилий-притяжательных: «чей?» — Трунников, то есть сын или потомок Трунника. Форма на -ов, а не на -ин, говорит о том, что основа оканчивалась на согласный (Трунник). Это типично для фамилий, образованных от прозвищ и профессий.

С точки зрения географии, фамилия Трунников редкая и не имеет ярко выраженного «гнезда» в одном регионе. Единичные носители встречаются в разных областях России, что характерно для фамилий, возникших не от массовой модели (вроде «Иванов»), а от локального прозвища. Если предок носителя был родом из мест, где «трунить» было обиходным словом, то фамилия — память о его характере. Если же из акающих говоров — то перед нами искажённое «Тронников», и тогда круг возможных занятий предка сужается до ремесленника, работавшего с деревом, или человека, получившего прозвище за важную осанку.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого разбора Трунникова нет, но по аналогии с фамилиями на -ников, образованными от прозвищ, эта фамилия укладывается в общую картину: не слишком древняя, скорее всего, оформившаяся в XVII–XIX веках, когда прозвища окончательно закреплялись за крестьянскими родами.