Фамилия Трунин напрямую связана с прозвищем Труня, которое, в свою очередь, произошло от диалектного слова «трун». В народной речи так называли отрепье, ветошь, всякое тряпьё. Логика прозвища проста: Труней могли окликнуть бедного человека, чья одежда превратилась в лохмотья, либо неряху, который не следит за своим видом. Таким образом, фамилия фиксирует не род занятий, а социальный облик или черту характера предка.

Модель образования здесь классическая для русских фамилий: к прозвищу Труня добавили притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность. То есть Трунин буквально означает «сын Труни», «тот, кто из рода Труни». Такая схема характерна для фамилий, образованных от слов с конечным -а или -я: если бы основой было слово, оканчивающееся на согласный, мы бы увидели суффикс -ов.

География распространения фамилии довольно показательна. Она встречается в Курске, Орле и Туле, то есть в центрально-черноземных областях. Но особенно интересна её привязка к Северу: фамилия нередка в Шенкурском и Пинежском районах Архангельской области, а также в Зауралье. Такое распределение не случайно. Диалектное слово «трун» бытовало именно в северных говорах, и, вероятно, фамилия получила распространение вместе с миграцией крестьянского населения: с Русского Севера люди уходили за Урал, а в черноземные области — в силу хозяйственного освоения земель.

В словарях и справочниках по ономастике фамилию Трунин обычно связывают именно с «ветошью», не предлагая серьёзных альтернатив. Версия о происхождении от личного имени или от какого-либо ремесла выглядит слабой и не имеет под собой фактической основы. Поэтому можно уверенно говорить: потомок человека, которого в старину за бедность или неопрятность прозвали Труней, со временем получил фамилию Трунин.