Фамилия Труьникова — на первый взгляд, редкий и необычный случай. В ней сразу обращает на себя внимание мягкий знак после «р»: «Труьникова». Такое написание нетипично для русских фамилий, и это не случайность, а, скорее всего, искажение при записи. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Трубникова, где произошла замена буквы «б» на «ь» из-за особенностей произношения или ошибки писаря. В говорах, где «б» на конце слога звучит глухо и смягчённо, её могли записать на слух как мягкий знак. Поэтому правильнее говорить о происхождении фамилии Трубникова.

Основа фамилии — слово «трубник». В русском языке у него было два основных значения. Первое и самое распространённое — мастер, который делал трубы: печные, водосточные, музыкальные. Второе, более редкое и архаичное — «трубником» называли человека, который трубил в рог или трубу, то есть глашатая или сигнальщика. В словаре В. Даля «трубник» — это именно трубач. Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть либо ремесленником-трубником, либо человеком, чьей обязанностью было подавать сигналы трубой.

Суффикс «-ов» указывает на притяжательную модель: «Трубников» — сын Трубника. Фамилия образовалась от прозвища или профессии отца. Поскольку фамилии на «-ов» в центральной России получили распространение в XVI–XVII веках, время её появления можно отнести к этому периоду. Женская форма на «-а» — Труьникова — стандартное окончание для замужней или незамужней женщины в русской фамильной системе.

Географически фамилия Трубников (и её искажённые формы) встречается повсюду, где были развиты печное дело или металлообработка: в Новгородской, Тверской, Ярославской губерниях. Сама запись «Труьникова» — локальный курьёз, который мог возникнуть в документах какой-то конкретной волости, где писарь не был грамотен или торопился.

Если ваша фамилия именно Труьникова, а не Трубникова, то это почти наверняка результат описки или диалектного произношения. В любом случае, корень один — ремесло или занятие, связанное с трубой, что делает фамилию профессиональной по происхождению.