Фамилия Трушков отвечает на вопрос «чей будете?» и образована от личного имени или прозвища Трушка. В подавляющем большинстве случаев за этим именем стоит просторечная форма канонического имени Трифон. Само имя Трифон восходит к древнегреческому слову tryphon — «нежный», и в церковном календаре оно связано с мучеником Трифоном, который, по преданию, обратил ко Христу многих язычников и принял смерть за веру. В бытовой, нецерковной среде полное имя сокращали и переделывали на русский лад: Трифон превращался в Трушу, а уже от этой ласковой формы и пошла фамилия Трушков. Суффикс -ов здесь указывает на принадлежность: Трушков — это сын, потомок Трушки.

Однако есть и вторая версия, которую не стоит сбрасывать со счетов. В украинском языке существует слово «трушком» — «трусцой», «мелкой рысью». Если принять эту версию, то Трушкой в народе могли прозвать человека с характерной манерой бега или быстрой, семенящей походкой. Такие прозвища по движению встречаются в русской антропонимии довольно часто, хотя для фамилии Трушков эта гипотеза выглядит менее убедительной: имя Трифон было распространено шире, а формы Труша, Трушка — естественным продуктом народного словоупотребления.

Интересно, что фамилия Трушков стоит в одном ряду с однокоренными Трушин, Трушкевич, Трушковский. Все они отталкиваются от той же основы, но разные суффиксы показывают, где именно закрепилась фамилия: -ин чаще встречается в северных и центральных русских говорах, -ов типичен для юга и востока, а -евич и -ский выдают украинское или польское влияние. Сама фамилия Трушков не относится к числу редких, но и не бросается в глаза частотностью — она осела в основном в южнорусских регионах и на Украине, что косвенно поддерживает версию о прозвищном происхождении от «трушком». Впрочем, и здесь имя Трифон могло дать ту же форму.

Точных данных о том, когда именно фамилия закрепилась, у нас нет: письменные источники по таким «простецким» фамилиям скупы. Но сам тип фамилии — от просторечной формы имени с патронимическим суффиксом — характерен для XVI–XVII веков, когда крестьянство и посадские люди массово обзаводились наследственными прозваниями. Так что Трушков — это фамилия-ровесница русского фамильного пласта, и её носитель с высокой долей вероятности ведёт род от человека, которого в его деревне звали просто Трушкой.