Фамилия Труженникова — одна из тех, где написание напрямую связано с произношением, а не с историческим корнем. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) форма с двумя «н» обычно считается более поздним, народным вариантом. Литературная, книжная норма — Тружеников (с одним «н»), от слова «труженик». Однако в живой речи двойное «н» закрепилось под влиянием прилагательного «труженный» (тот, кого трудили, нагружали работой) или просто из-за аналогии с суффиксом -енник (как в словах «путешественник», «священник»). Так что Труженникова — это не ошибка, а устойчивая разговорная форма, которая со временем стала официальной фамилией.

Основа фамилии — прозвище или профессиональное именование Труженник. Так могли назвать человека, который много и тяжело работал, возможно, батрака или наёмного работника. В крестьянской среде слово «труженик» не было комплиментом в сегодняшнем смысле — оно указывало на зависимое положение, на того, кто «трудится на других», а не на себя. Поэтому фамилия могла закрепиться за крепостными или вольнонаёмными людьми, чей основной признак — упорный, подневольный труд.

Суффикс -ов (в мужском варианте Труженников, женском Труженникова) указывает на принадлежность: «чей?» — сын, дочь или жена Труженника. Это типичная модель для русских фамилий, сформировавшихся в XV–XVII веках, когда прозвище отца переходило к детям в притяжательной форме.

Географически фамилия Труженникова встречается в основном в центральных и поволжских областях России, а также в Сибири, куда переселялись крестьяне в XIX веке. Она не относится к дворянским или купеческим — это фамилия, возникшая в среде земледельцев и сельских работников. Встречаются и варианты с другим окончанием: Труженников, Труженниковых (на Русском Севере), но Труженникова — самая частая форма, так как в документах чаще фиксировали женский род (вдова или дочь).

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Тружеников — более редкая, книжная версия, а Труженников ближе к живой народной речи. Также есть фамилии Трудов, Трудолюбов, но они образованы от других основ и несут иной смысловой оттенок.