Фамилия Цахнакаия — редкий случай, когда географический адрес надёжнее любого лингвистического разбора. Она почти наверняка мегрельского происхождения: окончание -ия (в мегрельском -иа) — один из главных маркеров фамилий Западной Грузии, наряду с -дзе и -швили. В Мегрелии такие фамилии обычно указывали на село, где жил род, или на прозвище предка.

Основа «Цахнака» не имеет очевидного общегрузинского значения. В мегрельском языке, который сильно отличается от литературного грузинского, слово «цахнака» (ცახნაკა) могло означать «пёстрый» или «рябой» — так могли прозвать человека с заметными веснушками или неровным цветом кожи. Менее вероятная, но возможная версия — искажённое «цахиа» (горячий, вспыльчивый) с мегрельским суффиксом -ак, который придаёт оттенок постоянного свойства.

Скорее всего, фамилия Цахнакаия образована от прозвища, а не от названия населённого пункта: в Грузии известны сёла с похожими корнями (например, Цахнакари), но прямой топоним «Цахнака» не зафиксирован. Социальный контекст типичен для мегрельских фамилий: носители могли быть как крестьянами, так и мелкими дворянами (азнаури), но без дополнительных источников определить сословную принадлежность предков невозможно.

Фамилия встречается почти исключительно в Грузии, с небольшим числом носителей в России и странах бывшего СССР. Из-за редкости фамилии её этимология остаётся предметом предположений: словари грузинских фамилий (например, работы А. Чикобавы) не дают однозначного толкования корня «цахнак». Это делает фамилию Цахнакаия скорее загадкой для ономастов, чем прозрачным именем — и в этом её главная особенность.