Фамилия Цаплышкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не столько характеризует человека, сколько указывает на конкретный промысел или бытовую деталь. Корень здесь — «цапля», но не в прямом, а в переносном значении. В русских говорах «цаплей» называли не только птицу, но и долговязого, длинноногого человека, а также — что важнее — орудие для ловли рыбы: острогу или багор. Рыбак, промышлявший с такой снастью, мог получить прозвище Цапля, а его потомки — стать Цаплышкиными.

Модель образования нестандартна. Суффикс -ышк- в русских фамилиях встречается редко. Обычно он придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок в нарицательных словах (солнышко, перышко), но в фамилиях работает иначе. Унбегаун в своём словаре отмечает, что такие формы могли возникать от прозвищ с суффиксом субъективной оценки, которые затем закреплялись как родовое имя. Цаплышка — это не «маленькая цапля», а скорее производное от Цапля, где -ышк- выполняет роль фамильного форманта, аналогичного -к- в фамилиях типа Козлов — Козловский. Получается, что Цаплышкин — «сын Цаплышки», то есть потомок человека с прозвищем Цаплышка.

География фамилии узкая. По данным современных телефонных справочников и архивных записей, Цаплышкины концентрируются в основном в Центральной России — в Тверской, Псковской, а также в Рязанской областях. Это как раз зона распространения северных и среднерусских говоров, где слово «цапля» в промысловом значении было в ходу. В южнорусских регионах, где цаплю чаще называли «чапля» или «чапура», фамилия почти не встречается.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Цаплин, Цаплев, Цаплинский — показывает, что Цаплышкин стоит особняком. Если Цаплин мог возникнуть от прямого прозвища «длинноногий», то Цаплышкин прочнее привязан к ремеслу. Предки носителя этой фамилии с высокой вероятностью были рыбаками, жившими на озёрах или реках, где били рыбу острогой. Никаких сведений о дворянских корнях или принадлежности к известным историческим родам нет — это крестьянская или мещанская фамилия, что подтверждается её отсутствием в «Бархатной книге» и других родословных сборниках.

В написании фамилии возможны варианты: в дореволюционных документах встречается Цаплышкинъ с твёрдым знаком, а также редкая форма Цаплышкин (без и). Но современный стандарт закрепился именно с «и» в суффиксе, что типично для фамилий, образованных от основ на -а.