Фамилия Цепурдей — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным ремеслом или занятием. В её корне угадывается слово «цеп» — ручное орудие для молотьбы, которым выбивали зерно из колосьев. Человек, постоянно работавший цепом, мог получить прозвище Цепур или Цепурдей; вторая часть фамилии, -дей, — это характерный для молдавских и румынских фамилий суффикс, указывающий на деятеля. Цепурдей буквально значит «цепник», «тот, кто работает цепом», то есть молотильщик.

Такая фамилия могла возникнуть только в земледельческой среде, где ручная молотьба была повседневным тяжёлым трудом. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от имени отца, модель с -дей указывает на прозвище по профессии, причём не на должность (мельник, кузнец), а на конкретное действие. Это сближает Цепурдей с такими южнославянскими и молдавскими фамилиями, как Косарь, Молотило или Виноградарь.

Географически фамилия почти наверняка имеет молдавское или румынское происхождение. В России и на Украине она встречается крайне редко, в основном в приграничных с Молдовой областях или среди потомков переселенцев. Написание Цепурдей (с буквой «Ц» в начале) характерно для русской передачи молдавского звука [цэ]; в оригинале фамилия могла выглядеть как Țepurdei или Țepurdeu.

Встречается также вариант с ударением на последний слог — Цепурде́й, что типично для молдавской акцентной модели. В русском языке ударение может смещаться на второй слог — Цепу́рдей, под влиянием привычного произношения фамилий на -ей.

Исходное прозвище, скорее всего, не было официальным именем, а закрепилось за одним человеком в общине и затем перешло к его детям как фамилия. В документах XIX — начала XX века такую фамилию могли записать по-разному: Цепурдей, Ципурдей, Цапурдей — из-за нестабильности передачи молдавских звуков русскими писарями.