Фамилия Цеунель — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она имеет искусственное или книжное происхождение, а не образована от обиходного русского прозвища или имени. В русской ономастике фамилии с таким окончанием (-ель, -уль) встречаются нечасто и обычно указывают на западное влияние.

Первое, что бросается в глаза — нехарактерный для восточнославянских фамилий суффикс -ель. В русском языке фамилии на -ель встречаются редко и часто являются полонизмами или заимствованиями из немецкого (через прибалтийские земли). Например, фамилии вроде Цигель, Штиль, Шпигель. Если это так, то основа «Цеун-» может быть искажённым вариантом немецкого слова или фамилии. Самая вероятная версия — от немецкой фамилии Zäunel или Zeunel, которая восходит к слову Zaun — «забор, ограда». В немецком языке это могло быть прозвище человека, жившего у изгороди, или мастера по их установке. В таком случае Цеунель — это русифицированная форма, в которой окончание -ель закрепилось при записи фамилии в документах.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование — происхождение от личного имени или прозвища через суффикс -уль. В некоторых говорах (особенно западных и южных) суффикс -уль встречается в уменьшительно-ласкательных формах: Януль, Петруль. Тогда «Цеунь» могло быть местным прозвищем, а Цеунель — его производной формой. Однако убедительной славянской основы для «Цеун-» не находится; слово не фиксируется в словарях древнерусских прозвищ.

Третья, самая прагматичная версия — семинарская фамилия. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков ученикам часто давали искусственные, «благозвучные» фамилии на латинский или греческий манер. Окончание -ель могло быть калькой с латинского -ellus (уменьшительный суффикс). В таком случае Цеунель могло быть образовано от латинского слова caelum — «небо», через форму caelunellus (небесный). Это типичный приём семинарских наставников: сделать из «небесного» фамилию с необычным звучанием. Версия спорная, но в пользу неё говорит редкость фамилии — такие «кабинетные» фамилии обычно оставались единичными.

Географически фамилия Цеунель встречается в основном на западе России и в Беларуси, что подтверждает версию о польском или немецком следе. В дореволюционных метрических книгах единичные записи фиксируются в Минской и Гродненской губерниях, а также у российских немцев Поволжья.

Итог: с большой вероятностью, предок носителя фамилии Цеунель — либо выходец из немецких колонистов (мастер-строитель оград), либо воспитанник семинарии, получивший фамилию по латинскому слову. Третья версия — польское влияние, но она слабее из-за отсутствия однокоренных фамилий в польском языке. Какой бы ни была истина, фамилия эта явно не крестьянская и не «уличная», а привнесённая — через документ или школу.