Фамилия Цейер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не славянское. Если отбросить маловероятные версии о связи с древнерусским прозвищем или местным диалектом, остаётся одно уверенное объяснение: это немецкая или еврейская (ашкеназская) фамилия, попавшая в Российскую империю вместе с переселенцами.

В немецком языке слово «Zeier» (или «Zeyer») имеет несколько значений, но чаще всего его связывают с профессией. В южнонемецких диалектах «Zeier» — это палач или исполнитель телесных наказаний, от средневерхненемецкого «zeigen» (показывать, указывать). Однако в быту фамилия могла закрепиться не столько за самим палачом, сколько за его помощником или за человеком, жившим рядом с местом казни. Вторая версия, более нейтральная: «Zeyer» — вариант фамилии «Seyer» (от имени Severus), то есть образована от личного имени.

С точки зрения словообразования, фамилия Цейер не имеет типичных для русских фамилий суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это указывает на её позднее закрепление в документах: скорее всего, в XIX веке, когда в России фиксировали фамилии немецких колонистов, ремесленников или военных специалистов. Встречается она в основном в западных губерниях (Волынская, Киевская, Подольская) и в Прибалтике, где были крупные немецкие общины.

В еврейской среде фамилия Цейер могла возникнуть как вариант фамилии Цайер (Zayer) — от идишского «цеер» (горе, беда) или как топонимическая, от местечка Цайер (в Восточной Европе). Но эта версия менее распространена, чем немецкая профессиональная.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Цайер, Цейерман, Зейер) подтверждает, что корень один и тот же, а разница в написании — результат адаптации к разным языкам (немецкому, идишу, польскому). В России фамилия Цейер осталась редкой и не получила массового распространения, поэтому её носители — это, как правило, потомки конкретных переселенцев, а не целого рода крестьян или дворян.