Фамилия Цайер — редкий для России случай, когда немецкое слово попало в русский ономастикон почти без изменений, сохранив исконное написание. В отличие от фамилий, которые русифицировали через суффиксы (Цайеров, Цайерский), форма Цайер закрепилась в «чистом» виде, что сразу указывает на её позднее происхождение и вероятную связь с немецкими колонистами или обрусевшими немцами.

Основа фамилии — немецкое der Zeiger. У этого слова два основных значения: «указатель, стрелка (часов, прибора)» и «побег, росток». Первое значение могло дать прозвище человеку точному, педантичному, возможно, часовщику или мастеру по измерительным приборам. Второе — относилось к земледельцу или садовнику, внимательному к всходам. В южнонемецких диалектах Zeiger также называли знахаря, который «указывал» на причину болезни, или даже судебного пристава, который «указывал» на должника. Какая из этих версий верна для конкретного предка, без семейной легенды не установить, но все они укладываются в логику прозвищ по профессии или характерному занятию.

В Российской империи фамилия Цайер встречалась преимущественно в Поволжье и на юге Украины — в регионах, где существовали немецкие колонии Екатерины II. Переселенцы из Гессена, Баварии и Пфальца нередко привозили с собой фамилии, образованные от названий ремёсел. Со временем часть носителей перешла на русский язык, но фамилию не склоняла по русским правилам, что и закрепило её как неизменяемую.

С точки зрения словообразования, Цайер — это пример фамилии-прозвища без патронимического суффикса. В немецкой традиции такие фамилии (на -er) указывали на профессию или место жительства. В русском контексте это делает фамилию «прозрачной» для этимолога, но сложной для бытового восприятия: люди часто пытаются приписать ей еврейские или тюркские корни, хотя на деле она чисто германская и восходит к средневерхненемецкому zīger — «указатель».

Сегодня фамилия остаётся редкой, но не исчезнувшей. Встречается в Москве, Санкт-Петербурге, Волгоградской и Саратовской областях. Потомки тех самых колонистов, потомки обрусевших немцев и даже единичные случаи среди потомков советских репатриантов из Германии — вот три основные группы современных носителей.