Фамилия Цилёра — редкая и не сразу прозрачная по происхождению. Основная трудность в том, что в русской модели фамильных суффиксов нет ничего похожего на -ёра: это нетипичное окончание. Чаще всего такие фамилии — переоформленные иноязычные, либо результат диалектного произношения.

Наиболее вероятна еврейская версия. Фамилия Цилёра может быть вариантом фамилии Циллер (Ziller) или Циллера, распространённой среди ашкеназских евреев. В таком случае основа — немецкое Zille, что в южнонемецких диалектах означало «циновка», «рогожа», а также было прозвищем плетельщика или торговца корзинами. Суффикс -ер указывает на профессию (как в фамилиях Мельцер, Шнайдер). Переход «ц» в «ц» и ударение на последний слог — обычное явление при русификации через идиш или польский язык.

Вторая версия — славянская, хотя и менее убедительная. В некоторых русских говорах (особенно западных) слово «цилёра» могло быть искажением «цедила» — приспособления для процеживания молока или кваса. Тогда фамилия могла закрепиться за человеком, делавшим такие сита. Но эта гипотеза слаба: нет документальных подтверждений такой лексемы в словарях.

Третий вариант — что перед нами белорусская или украинская фамилия, образованная от прозвища Циля (уменьшительное от имени Целестин или от слова «ціль» — цель, мишень). Тогда -ёра — это суффикс носителя признака, как в фамилиях Ковалёра, Шведера. Однако и эта модель в восточнославянской ономастике маргинальна.

Географически фамилия Цилёра встречается в основном на юго-западе России и в Беларуси, единично — в центральных областях. В дореволюционных метрических книгах она почти не фиксируется, что тоже говорит о её позднем письменном оформлении. Сословно носители, скорее всего, были мещанами или ремесленниками, не крепостными крестьянами — фамилия не патронимическая, а прозвищная.

Словообразовательно фамилия стоит особняком. Если отбросить гипотезу о заимствовании, то единственный возможный русский суффикс — -ёр-а (редкий, как в «понтёр»), но основа «цил» не даёт внятного значения. Поэтому наиболее правдоподобно видеть в Цилёре адаптированную немецкую или еврейскую фамилию, где «ё» — результат озвончения или белорусского аканья. Точное значение упирается в то, какое именно слово лежало в основе: если от Zille — то «корзинщик», если от Ziller (от Zill — ручей) — то живущий у ручья.