Фамилия Ципачев образована по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. Основа здесь — Ципач, а сама фамилия означает «сын или потомок Ципача».

Прозвище или нецерковное имя Ципач могло возникнуть от глагола «ципать» — диалектного варианта слова «щипать». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «ципать» означало щипать, отрывать мелкие частицы, например, щипать лучину, кору или шерсть. Соответственно, Ципачем могли прозвать человека, занятого такой работой: того, кто щипал шерсть для валяния, драл лыко или лучину. Это типичное «профессиональное» прозвище, которое закреплялось за ремесленником.

Есть и вторая, менее очевидная версия, связанная с южнославянскими и западнославянскими языками. В болгарском и сербском «ципа» — это цыплёнок, а «ципач» могло быть ласкательным прозвищем для маленького, щуплого человека или, наоборот, для задиристого, как петух. Однако для русской фамилии эта версия менее вероятна: географически фамилия Ципачев встречается преимущественно в центральных и северных областях России (Вологодская, Кировская, Архангельская области), где цокающий говор (произношение «ц» вместо «ч») был распространён. Поэтому «ципать» как вариант «щипать» — более органичное объяснение именно для этой местности.

Суффикс -ев указывает на то, что фамилия закрепилась в среде крестьян и посадских людей, где прозвища отца переходили к детям как родовое имя. В документах Ципачевы могли фиксироваться с XVII века, но конкретные ранние упоминания требуют поиска по писцовым книгам тех губерний, где фамилия бытует до сих пор — например, в Тотемском уезде Вологодской губернии.

Однокоренные фамилии — Ципин, Ципкин, Ципаев — тоже восходят к той же диалектной основе, но с разными суффиксами. Ципачев отличается именно суффиксом -ач, который в русских прозвищах часто придавал оттенок деятеля или носителя характерного признака (ср. Ткач, Скрипач, Ловкач). То есть Ципач — это не просто «тот, кто ципает», а человек, для которого это занятие стало отличительной чертой.