Фамилия Ципаев образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ев, который присоединяют к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — прозвище или некалендарное имя Ципай.

Происхождение этого имени неочевидно, и здесь стоит разобрать две основные версии. Первая, наиболее вероятная, связывает его с диалектным глаголом «ципать» — щипать, отщипывать, драть. В говорах северных и центральных областей России «ципать» могло означать «щипать лён», «обирать ягоды» или, в переносном смысле, «придираться, задирать». Соответственно, прозвище Ципай могли дать человеку с въедливым характером либо тому, кто занимался обработкой льна или трепал шерсть. Вторая версия — тюркская, от имени Чипай (Çipay), которое встречается у башкир и татар и означает «птенец» или «малыш». В таком случае фамилия могла возникнуть на стыке русской и тюркской культур, например, в Поволжье или на Урале.

Словообразовательный суффикс -ев указывает на то, что предок носителя фамилии был известен под именем или прозвищем Ципай. Фамилия фиксируется в документах преимущественно в южных регионах России — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в восточной части Украины. Это может говорить о миграции носителей прозвища в ходе заселения южных земель или о том, что в этих местах «ципанье» имело местное значение, отличное от северных говоров.

Однокоренные фамилии — Ципин, Ципов, Ципанов — встречаются реже и могут быть связаны как с тем же корнем, так и с другими значениями (например, «ципа» в некоторых говорах — курица). В случае Ципаева наиболее логичным выглядит связь с действием или чертой характера, что типично для русских фамилий, образованных от глагольных прозвищ.