Фамилия Цобенко звучит на южнорусский и украинский лад — её выдает суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках был главным маркером «сына» или потомка в среде запорожского казачества и крестьянства Левобережной Украины. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, модель на -енко распространялась в основном в Черниговской, Полтавской, Харьковской губерниях, а затем вместе с миграциями ушла на Кубань и Дон. Так что географический центр фамилии Цобенко — скорее всего, восток Украины или юг России.

Основа фамилии — прозвище Цоб. Его происхождение неочевидно, и здесь возможны два правдоподобных пути. Первый: от глагола «цобкать» или «цобнути» — в южных говорах так называли резкий, отрывистый звук, щелчок, удар. Человек мог получить прозвище Цоб за манеру говорить отрывисто, за щелчок пальцами или за привычку цокать языком. Второй вариант: «цоб» — звукоподражательный возглас, которым погоняют волов или лошадей в украинском языке (ср. «цоб» и «цабе» — в стороны). Тогда Цоб — это погоняльщик, пастух, или просто человек, который часто покрикивал на скотину.

Менее вероятна, но встречается в любительских этимологиях версия о связи с немецким Zobe (соболь) или с тюркским «цоб» (упрямый). Для фамилии, бытующей в среде славянского крестьянства, эти параллели выглядят натянуто.

Суффикс -енко указывает, что Цобенко — это «сын Цоба», то есть первый носитель фамилии был младшим родственником человека с прозвищем Цоб. Никакого дворянского или боярского следа в этой фамилии нет: -енко — демократичная модель, характерная для казаков, мещан и крестьян. Сословных привилегий у предков Цобенко, скорее всего, не было — они работали на земле, пасли скот или служили в казачьих полках.

В написании фамилия устойчива: Цобенко, без вариантов Цабенко или Цубенко. Встречается она редко, в основном в документах XIX–XX веков по Харьковской и Екатеринославской губерниям. Сегодня её можно найти в России, на Украине и среди потомков эмигрантов.