Фамилия Цибенко образована от прозвища Циба, и в этом её загадка: одно и то же слово в разных говорах описывало людей, противоположных по внешности и характеру. В одних диалектах Цибой называли низкорослого плотного человека, при этом неопрятного и неаккуратного, а также задиру. В других, особенно в украинских говорах, «циба» означала «длинная нога», поэтому прозвище закреплялось за высоким человеком. Так что предки носителей фамилии могли быть как коренастыми драчунами, так и долговязыми ходоками — точное значение зависело от местности, где прозвище дали.

Разбор фамилии показывает типичную украинскую модель: к основе Циба добавляется патронимический суффикс -енко, который указывает на «сына» или потомка. Первоначально форма Цибенко означала «сын Цибы», и лишь со временем закрепилась как самостоятельная наследственная фамилия. Такая словообразовательная схема характерна для Левобережной Украины и юга России, где украинское влияние было сильным.

Прозвище Циба и производные от него фамилии фиксируются в документах с XV века. В ту пору прозвища нередко сосуществовали с крестильными именами, но постепенно вытесняли их. Сначала Циба было дополнительным именем, которое использовали в быту для отличия от тёзок, а затем полностью заменило исходное имя и в повседневной речи, и в официальных бумагах — так и возникла фамилия Цибенко.

Стоит заметить, что фамилия не единственная в этом ряду. От той же основы пошли Цибенков, Цибин, Цибульский (хотя последний часто связывают с луком, часть таких фамилий восходит к тому же корню), а также Цибко. Родство этих фамилий легко проследить, если знать исходное прозвище.