Прозвище Цебенко образовано от украинского глагола «цебенiти», что в переводе на русский язык означает «течь». Скорее всего, такое прозвище указывало на место жительства предка обладателя фамилии Цебенко: он мог жить недалеко от водоема. Менее вероятно, что фамилия Цебенко ведет свое начало от грузинского слова ts`ebo, которое в переводе на русский язык означает «клей». В этом случае фамилия относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность человека. Вполне возможно, что основатель рода Цебенко занимался приготовлением клея.