Фамилия Цыбалист — редкая, и её разбор начинается не с корня, а с суффикса. Окончание -ист в русских фамилиях почти не встречается. Оно характерно для греческих, молдавских и румынских фамилий (например, Каракиста, Кодряну), а также для профессиональных прозвищ из южнорусских и украинских говоров, где -ист могло быть заимствовано через польское посредничество из латыни. В данном случае суффикс указывает на род занятий: так же, как «гитарист» — играющий на гитаре, или «тракторист» — работающий на тракторе, «цыбалист» — человек, связанный с цыбулей.

Цыбуля в украинском, белорусском и южнорусских говорах — это лук (репчатый). Отсюда прозвище Цыбалист могло означать торговца луком, огородника, выращивающего лук, или просто человека, который его любит или имеет с ним дело. Возможна и более прозаичная версия: прозвище могли дать за едкий характер, «луковый» нрав, обидчивость — по аналогии с тем, как лук «щиплет глаза».

Модель образования фамилии нетипична для великорусской ономастики. В среде крестьян и мещан центральной России фамилии на -ист почти не образовывались. Это указывает на западнорусское или украинское происхождение. Скорее всего, носители фамилии Цыбалист — потомки выходцев с территории современной Украины, Беларуси или юга России (Кубань, Дон), где украинские говоры были распространены.

Сравнивать фамилию стоит не с «Цыбульским» (типичная фамилия польского дворянства) или «Цыбулей» (чистая основа без суффикса), а именно с формами на -ист: они фиксируются в метрических книгах XIX века в Херсонской и Екатеринославской губерниях. Встречаются варианты написания — Цыбалистов (русифицированная форма с добавлением -ов) и Цыбалистый.

В словарях фамилия не отражена, что подтверждает её локальный характер. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предок носителя фамилии был либо огородником, либо торговцем, либо получил прозвище за сходство с луком — по запаху, цвету волос или характеру.