Фамилия Цыганцов — один из тех случаев, когда корень говорит сам за себя, но не всё так прямолинейно. В её основе лежит слово «цыган», однако суффикс -ов- указывает на стяжённую форму притяжательного прилагательного: Цыганцов — это сокращение от «Цыганцов сын» или «из рода Цыганца». То есть ключевое звено здесь не сам цыган, а человек по прозвищу Цыганец.

Прозвище Цыганец на Руси было довольно распространённым, и давали его не цыганам по крови. Так могли назвать смуглого черноволосого человека, того, кто искусно торговался, бродяжничал или знался с лошадьми, — за внешнюю или поведенческую схожесть. Иногда прозвище закреплялось за мастеровым, который перенимал ремесло у цыган (например, кузнечное дело или коновальство). В словаре древнерусских прозвищ Веселовского встречаются упоминания людей с основой «Цыган», что подтверждает бытовой, а не этнический характер прозвища.

Словообразовательная модель с суффиксом -ов- типична для русских фамилий, но в сочетании с основой на -ец возникает редкий переход «Цыганец → Цыганцов» (с отпадением -ец- в косвенных падежах). Это отличает фамилию от более прямых форм вроде Цыганов или Цыганкин, где основа не претерпевает сокращения. Географически фамилия тяготеет к южным и центральным областям России — Курской, Воронежской, Тамбовской губерниям, где цыганские таборы были частью повседневной жизни и прозвища приживались охотнее.

Встречается и вариант с написанием через «а» — Цыганцов, хотя в дореволюционных метрических книгах можно найти и «Цыганцев», что отражает ту же модель, но с другим суффиксом. Версия о происхождении фамилии напрямую от этнической группы (предок — цыган) менее вероятна: такие случаи единичны и обычно фиксировались как «Цыганов» или «Цыганский». Прозвищный характер — более надёжное объяснение, и оно даёт понять: носитель фамилии Цыганцов вряд ли был потомком кочевников, скорее — человеком, которого в деревне прозвали за яркую черту.