Фамилия Цыгану — редкий случай, когда в основе лежит этноним, но сама фамилия оформлена не по стандартной русской модели. Она застыла в форме родительного или дательного падежа единственного числа: буквально «Цыгану» можно понять как «(сын) цыгана» или «(принадлежащий) цыгану». Такое окончание — явный признак украинского или молдавского влияния. В русской традиции фамилии на -у, -е, -о (Дятел-Дятлу, Швец-Швецу) встречаются в основном на западе и юге, особенно в Поднепровье и на Буковине. Если бы фамилия оформлялась по-великорусски, мы бы имели Цыганов, Цыганков или Цыганский.

Прозвище Цыган давали не только человеку с тёмными волосами, глазами или смуглой кожей, но и бродячему торговцу, конокраду или просто непоседливому, кочевому по характеру человеку. В документах XVI–XVII веков, например, у С. Веселовского, встречаются «Цыган» как нецерковное имя-прозвище: крестьянин Цыган Окулов (1590-е) или помещик Цыган Образцов. То есть прозвище могло не иметь отношения к реальной этнической принадлежности, а быть бытовой характеристикой.

Особенность фамилии Цыгану в том, что она почти не даёт вариантов для ударения — оно фиксированное на втором слоге: Цыга́ну. Это дополнительно указывает на её нерусское происхождение: в русских фамилиях на -у ударение часто плавающее (Королю́ — Коро́лю). Встречается фамилия преимущественно в Молдове, Приднестровье и на юге Украины, что подтверждает версию о её молдавском или украинском корне.

Версия, что фамилия происходит от цыганского слова «цыгану» (как «человек» или «мужчина»), маловероятна: в цыганском языке для обозначения народа используется слово «ром», а «цыгану» — это уже славянская адаптация. Так что перед нами чисто славянская фамилия, образованная от прозвища с помощью падежного окончания, характерного для западно- и южнорусских земель.