Фамилия Цыгоняева — наглядный пример того, как редкая диалектная или профессиональная основа может закрепиться в русской фамилии, пройдя через несколько ступеней словообразования. В основе, скорее всего, лежит прозвище Цыгоня, которое образовано от глагола «цыганить» — в южнорусских и украинских говорах это означало «попрошайничать, выпрашивать, клянчить», а также «торговаться, сбивая цену». Человек с таким прозвищем мог быть навязчивым просителем, мелочным торгашом или просто тем, кто любил «цыганить» — добывать что-то хитростью и упорством.

Словообразовательная цепочка здесь нестандартная. Если бы фамилия была образована напрямую от «цыган», мы бы получили Цыганов или Цыганков. Но суффикс -я (Цыгоня) характерен для русских и украинских прозвищ, часто с оттенком действия или свойства (ср. Гуля, Бродя, Вертя). Форма Цыгоня вместо ожидаемого «Цыганя» указывает на возможное влияние окающих говоров (северные и среднерусские диалекты, где в безударном положении «о» произносится чётко) либо на стяжение из полной формы типа «Цыганяй» (повелительное наклонение глагола). Затем к прозвищу Цыгоня добавился притяжательный суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «чей сын?» — Цыгоняев, то есть сын Цыгони. Женский вариант Цыгоняева — это форма жены или дочери, закрепившаяся в документах.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где были сильны окающие говоры и где слово «цыганить» бытовало как бытовое: это могут быть Поволжье, Рязанская, Тамбовская, Нижегородская области. Встречается она редко, что подтверждает её позднее оформление и узколокальное происхождение. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне или духовенство, Цыгоняева — типично крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по поведению, а не по роду занятий.

Стоит упомянуть и более прозрачную, но менее вероятную версию: что прозвище Цыгоня могло быть связано с цыганами напрямую — например, так могли назвать смуглого человека или того, кто водился с цыганами. Однако глагольная основа («цыганить») объясняет прозвище точнее, поскольку в русской ономастике фамилии от глагольных прозвищ (Крича, Хватай, Торгуй) — устойчивая модель, а прямое отождествление с этносом дало бы другие суффиксы. Так что предок носительницы фамилии Цыгоняева — не обязательно цыган, а скорее настойчивый, хитроватый человек, умевший выпросить или выторговать своё.