Фамилия Цыгоняко — редкий пример восточнославянской фамилии с украинским суффиксом, который сразу выдаёт географию её происхождения. Формант «-як» (в родительном падеже «-яка») в украинской ономастике указывает на принадлежность к роду или на характерный признак: Цыгоняко буквально значит «из рода Цыгана» или «тот, кто похож на цыгана». Суффикс «-о» в финале — типичное для украинских фамилий окончание именительного падежа (сравните: Глушко, Стецько, Шинкаренко), так что основа здесь «Цыгон-», а полная модель — «Цыгон-як-о».

Корень «цыган-» прозрачен: прозвище Цыган давали смуглому, черноволосому человеку, либо тому, кто вёл кочевой образ жизни или занимался ремеслами, которые в народе связывали с цыганами — например, кузнечным делом, коновальством или гаданием. В украинских говорах слово «циган» могло также означать «хитрец, ловкач», но в основе фамилии лежит всё же внешний признак, а не характер.

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным областям Украины — преимущественно к Винницкой, Хмельницкой, Житомирской областям, где суффикс «-як» особенно распространён. В России и Беларуси фамилия встречается редко, обычно как следствие миграций XX века. Интересно, что в польском языке есть аналогичная фамилия Cyganiak с тем же корнем, но с другим суффиксом, что подтверждает общеславянскую основу прозвища.

Сословно носители фамилии Цыгоняко, скорее всего, были крестьянами или казаками — в реестрах Войска Запорожского XVII–XVIII веков встречаются прозвища типа Цыган, Цыганенко, но сама фамилия Цыгоняко не фиксируется в дворянских родословных книгах. Это типичная «народная» фамилия, возникшая в среде, где прозвище закреплялось за семьёй без участия официальной бюрократии.

При написании фамилии возможны варианты: Цыгоняк (без конечного «-о», в русской передаче), Цигоняко, Цыганяко — последний вариант ближе к украинскому произношению, где «и» звучит как нечто среднее между «ы» и «и». Но в современном паспортном виде закрепилось именно Цыгоняко, что характерно для фамилий, записанных в советских документах с «ы» на месте украинского «и».