Фамилия Цыхоня — редкий пример, где основа, скорее всего, не славянская, а западно-европейская, адаптированная восточнославянским суффиксом. Ключ к разгадке — в корне «Цых-» и окончании «-оня», которое работает как фамильный суффикс, типичный для украинских и белорусских фамилий (сравните: Тишоня, Трохоня, Вороня). Такая модель указывает на прозвище, образованное от личного имени или характерной черты.

Самая вероятная версия возводит основу к польскому слову «cichy» (тихий) или его диалектным вариантам. В польском и белорусском языках форма «cichoń» или «cichonia» означала «тихоня», «молчун». Фамилия Цыхоня — это украинизированная или белорусизированная версия такой основы, где начальное «ц» вместо «ч» — не ошибка, а закономерный фонетический переход в некоторых говорах (так называемое «цоканье» или влияние польской графики). Предок-носитель такого прозвища, скорее всего, был человеком спокойным, нешумным, либо, по контрасту, прозвище дали в насмешку — говорливому.

Менее распространённая, но допустимая версия — связь с немецкой фамилией Zycha или Zych (от сокращённой формы имени Зигфрид или от слова «Zeche» — долг, счёт). Переселенцы-немцы, попадая в среду украинского или белорусского крестьянства, нередко получали на слух переоформленные фамилии с местными суффиксами. Однако в случае с Цыхоня эта гипотеза слабее: суффикс «-оня» слишком органичен для восточнославянской модели прозвищ, а для немецкой адаптации типичнее были бы окончания «-ук» или «-енко».

Географически фамилия привязана к западным областям Украины и юго-востоку Польши (историческая Галиция, Волынь). Встречается она и в Беларуси, но реже. Сословного барьера у неё не было: такую фамилию мог получить и крестьянин, и мещанин, и шляхтич-однодворец — прозвище не указывало на благородное происхождение, а лишь фиксировало личную особенность.

Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия Цыхоня не искусственная и не книжная. Она родилась в живой речи, на стыке языков, и сохранила в себе звуковой отпечаток той местности, где польское «cichy» перешло в украинское «цих-» и обросло уменьшительно-ласкательным суффиксом, который в итоге и стал фамильным.