Фамилия Цыколин — редкий пример, где прозвищное слово почти полностью вытеснило в сознании носителей свою связь с исходным именем. Её основа — «цык» или «цыка» — звукоподражательный корень, передающий резкий, отрывистый звук. В русских говорах «цыкать» означало кричать, прикрикивать, цыкать на кого-то (отсюда же «цыкнуть»). Человек, получивший прозвище Цыка (а затем Цыколя — с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ол-), мог быть вспыльчивым, громким или просто привыкшим командовать. Суффикс -ин в окончании фамилии указывает на принадлежность: «сын Цыколи» или «из дома Цыколи».

Менее вероятная, но возможная версия выводит фамилию из диалектного слова «цыколка» — так в некоторых областях называли щиколотку, лодыжку. Если прозвище Цыколя дали человеку с заметной особенностью ног (например, хромоте или необычной походке), то фамилия образовалась бы от этой телесной приметы. Однако звуковой ряд здесь сложнее, и версия с «цыканьем» (окриком) выглядит убедительнее: она проще и типична для прозвищ по поведению.

Фамилия фиксируется преимущественно в центральных и южных областях России, но нигде не образует крупных гнёзд. По сословной принадлежности носители Цыколины — почти всегда крестьяне или мещане, поскольку фамилия не попала в дворянские родословные книги и не упоминается в старых боярских списках. Встречаются варианты написания Цыкулин и Цыкалин, но они могут быть самостоятельными фамилиями от тех же корней.

Интересно, что фамилия Цыколин не имеет ничего общего с цыганами, хотя по звучанию её иногда ошибочно причисляют к цыганским. Настоящий корень — чисто славянский, звукоподражательный, и родственные ему фамилии (Цыков, Цыкин, Цыкалов) встречаются в русских и белорусских говорах. Таким образом, предок современных Цыколиных, скорее всего, был человеком с громким голосом и командирским нравом, за что и получил своё прозвище.