Фамилия Цыпенко образована по типичной для украинской ономастики модели — суффикс -енко, указывающий на происхождение от отца или главы семьи. В буквальном смысле Цыпенко — это «сын Цыпы». Именно прозвище Цыпа или Цып и стало основой фамилии.

Слово «цыпа» в восточнославянских говорах имеет два основных значения. Первое, самое очевидное, — уменьшительно-ласкательное название цыплёнка (от «цып-цып»). Такое прозвище могли дать человеку за маленький рост, суетливый характер, щуплое телосложение или, наоборот, за нежное, «пушистое» отношение к окружающим. Второе значение — диалектное и более редкое: «цыпа» или «цыпка» в некоторых южнорусских и украинских говорах означало «курица» или «наседка». В этом случае прозвище могло указывать на хозяйственную заботу о доме или на привычку постоянно кого-то опекать.

С географической точки зрения фамилия Цыпенко наиболее распространена на территории исторической Полтавщины, Черниговщины и Слобожанщины — регионов, где суффикс -енко был основным способом образования фамилий у казаков и крестьян. В дореволюционных метрических книгах фамилия часто записывалась через «и» — Ципенко, что отражает местное произношение.

Стоит отметить, что у фамилии нет никакой связи с латинским корнем «цип» (как в слове «циперус»), несмотря на некоторое внешнее сходство. Это чисто славянское прозвищное образование, уходящее корнями в быт и народную наблюдательность.