Фамилия Цыпуков — редкий случай, когда прозвище могло закрепиться за человеком из-за одной-единственной детали внешности или поведения. В её основе лежит слово «цыпка» — так в русских говорах называли курицу или цыплёнка. Человек с таким прозвищем, скорее всего, был либо суетливым, мелким, похожим на цыплёнка, либо, наоборот, занимался разведением домашней птицы. Уменьшительно-ласкательная форма «цыпка» (в отличие от «цыпа») звучит мягче, что может указывать на прозвище, данное не в насмешку, а скорее по-свойски.

Модель образования проста и типична для русских фамилий: к основе «Цыпук» добавили притяжательный суффикс -ов, означающий «сын Цыпука» или «принадлежащий Цыпуку». Форма «Цыпук» — это, в свою очередь, суффиксальное производное от «цыпа» или «цыпка» с помощью уменьшительного суффикса -ук (как «сынок» от «сын»). Такая цепочка — сначала прозвище, потом патроним, потом фамилия — типична для крестьянского быта, где отчества и фамилии часто возникали стихийно.

Интересно, что фамилия Цыпуков почти не встречается в центральных областях России. Основной ареал — южные регионы, особенно Ростовская область и Краснодарский край, а также Поволжье. Это наводит на мысль, что прозвище могло быть связано не только с курицей, но и с местным диалектным значением: в некоторых говорах «цыпка» означала не только птицу, но и небольшой предмет или даже болезненную трещинку на коже (от холода или работы). Однако в контексте фамилии эта версия менее вероятна — прозвища от названий животных и птиц давали людям гораздо чаще.

Сословный состав носителей фамилии был по преимуществу крестьянским. В документах XIX века Цыпуковы числятся среди государственных крестьян и казаков, что подтверждает региональную привязку к югу России. Фамилия не дворянская, не купеческая — её носители жили землёй и ремеслом, и прозвище, скорее всего, закрепилось за конкретным родом ещё в XVII–XVIII веках. Сравните с однокоренными фамилиями: Цыпкин (от «цыпка»), Цыплёнков (от «цыплёнок»), Цыпов (от «цып»). Цыпуков стоит особняком благодаря редкому суффиксу -ук, который в русских фамилиях встречается нечасто и чаще характерен для украинской ономастики. Возможно, предки Цыпуковых были выходцами с Украины, где форма «Цыпук» вполне естественна, а при переселении на Дон или Кубань фамилия обрусела с помощью суффикса -ов.