Фамилия Цыпукова — женская форма, а её основа мужская — Цыпуков — образована по стандартной модели с суффиксом -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: буквально Цыпуков — «сын Цыпука» или «человек из рода Цыпука». Значит, ключ к происхождению — прозвище или некалендарное имя Цыпук.

Что могло лежать в основе Цыпука? Самая прямая версия — от слова «цыпка» или «цыпа». В русских говорах «цыпка» — это и цыплёнок, и ласковое обращение к девушке, а в некоторых регионах — трещина на коже (например, на руках от холода). Вряд ли прозвище давали по трещинам — скорее по поведению или внешности. Цыпуком могли назвать мелкого, суетливого человека, похожего на цыплёнка, или, наоборот, ласково — младшего в семье, «цыпочку».

Менее очевидная, но возможная версия — связь с диалектным «цыпуха» (вид растения, поганка) или даже с глаголом «цыпать» (трогать, щипать). Но это уже гипотезы без серьёзной опоры. Более правдоподобно, что Цыпук — вариант прозвища Цыпля или Цыпа, которые фиксируются в старых русских документах.

Географически фамилия Цыпукова встречается нечасто, но заметна в северных и северо-восточных регионах России — в Архангельской, Вологодской областях, а также в Сибири. Там фамилии на -уков (-укова) вообще распространены, особенно среди бывших крестьян. Сословно — это почти наверняка крестьянский род, без дворянских корней. Суффикс -ук в прозвищах и фамилиях на Русском Севере часто выполнял уменьшительную или патронимическую роль, так что Цыпук — это «маленький Цыпа» или «Цыпов сын».

Если сравнивать с однокоренными: Цыпин, Цыпкин, Цыпляков — все они идут от той же птичьей темы. Цыпукова же выделяется редким суффиксом -ук, что делает её нестандартной и регионально окрашенной.