Фамилия Цыпенкова — женская форма мужской фамилии Цыпенков, и её происхождение стоит искать в прозвище, которое дали человеку с характерной внешностью или поведением. Основа фамилии — слово «цыпа» или «цыпка», что в русских говорах означало «цыплёнок», а также «курица» или «наседка». В переносном смысле так могли назвать маленького, суетливого человека или того, кто постоянно «квохчет» — ворчит и суетится по пустякам. В некоторых диалектах «цыпка» — это ещё и ласковое обращение к женщине или ребёнку, так что прозвище могло быть и необидным, а скорее бытовым.

Суффикс -енков указывает на патронимическую модель, характерную для южнорусских и украинских земель. В отличие от северных -ов/-ев, суффикс -енк(ов) буквально значил «сын такого-то»: Цыпенков — «сын Цыпенка», где Цыпенок — это тот же «цыплёнок», но уже с уменьшительно-ласкательным оттенком. Такая форма была распространена в Рязанской, Тамбовской, Воронежской губерниях, а также на территории современной Украины. Позже, при русификации фамилий, окончание -енко часто заменяли на -енков, чтобы вписать фамилию в общероссийский стандарт.

Стоит обратить внимание на редкое написание с буквой «ы» после «ц». В русском языке после «ц» обычно пишется «и» (цирк, цифра), но в фамилиях и прозвищах сохраняются народные произносительные нормы. «Цыпа» — слово исконное, диалектное, с твёрдым «ц», поэтому написание через «ы» не ошибка, а указание на происхождение из живой речи, а не из книжного языка. Это отличает фамилию от, скажем, Ципенков, которая могла возникнуть из другого корня (например, от слова «ципать» — щипать).

Встречаются и однокоренные фамилии: Цыпкин, Цыплёнков, Цыпанов. Все они восходят к тому же образному ряду — «птица» или «птенец». Но Цыпенкова стоит особняком за счёт суффикса -енк, который прямо говорит: предок был не просто «цыпой», а «цыпёнком» — возможно, младшим в семье или самым мелким ростом. Других версий, например связи с татарскими корнями или географическими названиями, нет — слово чисто славянское, бытовое.