Фамилия Цыпенюк — яркий пример украинской модели фамилий на -юк. Суффикс -юк в украинской ономастике — один из самых частых патронимических показателей, он отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын такого-то» или «потомок такого-то». В данном случае основа — Цыпен(ь) — это прозвище или уменьшительная форма личного имени.

Корень «цып-» почти наверняка связан с подражанием цыплёнку. В украинских говорах «ципа», «ципка» — это цыплёнок, а «ципати» — пищать по-цыплячьи. Прозвище Цыпень могли дать человеку невысокого роста, щуплому, с тонким голосом или просто суетливому и «писклявому». Встречается и параллель с глаголом «ципати» в значении «трогать, щипать» — возможно, прозвище закрепилось за тем, кто имел привычку дёргать или пощипывать собеседника.

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным областям Украины — типичный ареал для фамилий на -юк. Встречается в Волынской, Ровенской, Хмельницкой областях, реже — на юге. В России фамилия редкая, чаще всего её носители — потомки переселенцев с Украины конца XIX — начала XX века.

Написание фамилии устойчиво: Цыпенюк, через «ы», что характерно для украинской передачи твёрдого [ц] перед гласным. Вариант Ципенюк (через «и») встречается, но реже и обычно связан с ошибками в паспортных записях или русификацией. Сравните с однокоренными фамилиями: Цыпкин (русская модель на -ин), Цыпляк (белорусская), Цыпка (украинская без суффикса) — все они восходят к тому же «цыплячьему» корню, но Цыпенюк однозначно указывает на украинское происхождение и патронимическую форму.