Фамилия Тубаякова — женская форма, а мужская — Тубаяков. Её основа восходит к тюркскому прозвищу или имени Тубай, которое, скорее всего, связано с тюркским словом «туба» — «знамя», «стяг» или «родовое знамя». В тюркской среде «туба» — не просто флаг, а символ рода, племени или воинского отряда. Соответственно, Тубай могло означать «знаменосец», «воин при знамени» или быть личным именем-пожеланием с таким значением.

Суффикс -яков в фамилии Тубаякова — это вариант распространённого тюркского патронимического суффикса -як/-ак, который в русской передаче часто превращается в -яков/-аков. Он указывает на принадлежность: Тубаяков буквально значит «сын Тубая» или «из рода Тубая». Такая модель типична для фамилий, возникших в среде поволжских татар, башкир, казахов и других тюркских народов, которые в XIX–XX веках адаптировали свои родовые имена к русской паспортной системе.

Географически фамилия Тубаякова встречается заметно чаще в Башкортостане и соседних регионах — Оренбургской, Челябинской областях. Встречается она и у татар, но реже. Это позволяет предположить, что родовое гнездо Тубаяковых — именно башкирская среда, где слово «туба» в значении «родовое знамя» хорошо известно по историческим преданиям о племенных тамгах и воинских стягах.

Альтернативная, менее правдоподобная версия выводит основу от тюркского «тубай» — «глинистый», «илистый» (от «туб» — дно, грунт). Тогда прозвище могло относиться к человеку, жившему у илистого берега или болота. Но эта гипотеза слабее, потому что в тюркской ономастике прозвища от «туба»-знамя встречаются чаще и дают более осмысленную родовую или социальную характеристику.

Таким образом, предок современных Тубаяковых, скорее всего, был человеком, чьё имя или прозвище было связано со знаменем — либо как воин-знаменосец, либо как носитель родового символа. Фамилия сохранила память об этом через тюркский суффикс родства и русское патронимическое окончание.