Фамилия Тугунова — женская форма фамилии Тугунов, которая образована от мужского прозвища или имени Тугу́н. Разберемся с основой. Слово «тугун» в русских говорах имеет несколько значений. В первую очередь, это название рыбы из семейства сиговых — тугун, она водится в сибирских реках, особенно в Оби и её притоках. Рыба небольшая, но промысловая, поэтому прозвище Тугун мог получить рыбак, торговец рыбой или человек, чем-то напоминавший эту рыбку — например, юркий, вертлявый, невысокий ростом.

Вторая версия связана с тюркскими корнями. В тюркских языках «тугун» может означать «родственник», «свойственник» или восходить к личному имени Тугу́н (с ударением на второй слог), которое было распространено у татар, башкир и других народов Поволжья. В этом случае фамилия Тугунова указывает на этническое или родовое происхождение: предок мог быть тюркоязычным, а саму фамилию принесли на русский север или в центральные области переселенцы.

Суффикс -ов/-ева в фамилии Тугунов/Тугунова — классическая русская патронимическая модель, означающая «сын (или дочь) Тогуна». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и закрепилась в письменных источниках не раньше XVII–XVIII веков, когда начался массовый учёт населения. Географически фамилия встречается в Западной Сибири (Тюменская, Омская области) и в Татарстане, что подтверждает обе версии происхождения — сибирскую рыбную и поволжскую тюркскую. Спор между ними неразрешим без конкретной семейной истории, но наиболее вероятной выглядит сибирская: слишком специфично слово «тугун» для названия рыбы, и вряд ли его придумали бы искусственно.