Фамилия Тупеева — женская форма мужской фамилии Тупеев, и её происхождение, скорее всего, связано не с качеством ума, а с географическим или профессиональным прозвищем. Вопреки интуитивному сближению со словом «тупой», основа здесь другая: в основе лежит тюркское слово «туп» (tüp) — «дно», «корень», «основание». В диалектах русского Севера и Сибири, где было активно тюркское влияние, «тупеем» могли называть человека, живущего у подножия горы, в низине, или же того, кто «сидит на корню» — оседлого, коренного жителя в отличие от пришлого.

Модель образования типична для русских фамилий конца XVII–XIX веков: суффикс -ев присоединялся к основе на мягкий согласный. Если бы прозвище звучало как «Тупой», фамилия была бы Тупов. Форма Тупеев говорит о том, что исходное прозвище или имя было «Тупей» (с ударением на первый слог). В некоторых говорах «тупеем» называли также мастера, изготовлявшего тупеи — специальные подкладки под парик или высокие прически (от французского toupet). Эта версия менее вероятна, так как профессия была узкой и городской, но полностью исключать её нельзя.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу. В метрических книгах XIX века Тупеевы встречаются среди крестьян и мещан Казанской, Симбирской и Оренбургской губерний. Там же фиксируются и однокоренные фамилии — Тупеев, Тупицын, Тупиков, но все они имеют разную этимологию: Тупицын восходит к прозвищу «тупица» (от «тупой»), а Тупеев — к «тупею», то есть к топонимическому или этническому признаку.

Таким образом, предок носителей фамилии Тупеева — не обязательно был человеком недалёкого ума. Скорее всего, он жил в низине, у подножия холма, или был коренным жителем какой-то местности, чьё прозвище закрепилось за родом.